随着分子生物学的不断进展，近些年来对HPV的各功能区，特别是对E2、E5、E6、E7以及L1和L2的研究又有了新的认识。现认为E2蛋白是一种特异性的DNA束缚蛋白，可以调节病毒mRNA的转录和DNA的复制，并有减量调节E6、E7表达的作用。E2蛋白还可以通过结合病毒启动子附近的基因序列而抑制转录起始。E4蛋白仅在病毒感染期表达，而且在病毒的复制和突变中起重要作用 E5蛋白是一种最小的转化蛋白，也是一种细胞膜或内膜整合蛋白，由两个功能域组成：一个是氨基端疏水域，与E5蛋白在转化细胞膜或内膜上的插入位置有关；另一个是羧基端的亲水域，若将羧基端部分注射休止细胞中，能够诱导细胞DNA合成。
此外，E5蛋白可能是对人细胞永生化和转化的潜在介质，但其本身不能使人细胞永生化。E5蛋白还能诱导多种癌基因的表达。E6蛋白是一种多功能蛋白，在HPV感染的细胞中，E6蛋白定位于核基质及非核膜片段上。体外表达的E6蛋白；含有151个氨基酸。E6蛋白的主要结构特征是2个锌指结构，每个锌指结构的基础是两个cys-x-x-cys，这种结构是所有HPVE6所共有，其结构根据功能不同可分为5个区，分别是：
①C端，1-29氨基酸；
②锌指1区，30-66氨基酸；
③中央区(连接区)，67-102氨基酸；
④锌指2区，140-151氨基酸。139氨基酸；
⑤C端，E7蛋白是HPV的主要转化蛋白质，是一种仅有98个氨基酸小的酸性蛋白，定位于核内或附着于核基质上。
E7蛋白分为：
1区，1-15氨基酸；
2区，16-37氨基酸；
3区，38-98氨基酸；锌指及C端区。E6和E7蛋白可影响细胞周期的调控等，被认为在细胞转化及在肿瘤形成中起着关键作用。E6还能激活端粒酶，使细胞不能正常凋亡。对E6和E7免疫表位的研究表明，E6和E7蛋白的鼠T细胞表位均在C端区及锌指区，但其HLA-A表位除了存在于锌指区，也存在于N端区。E6和E7蛋白不仅具有转化和致癌作用，而且还具有对病毒基因和细胞基因转录的反式激活活性。对E6及E7蛋白的结构、功能及免疫表位的深入研究将为防治HPV引起的疾病提供基础