逆行射精的原因：正常的男性，阴茎在强烈的性刺激下出现性高潮的时候，便可产生射精动作。由尿道腺、前列腺的大量分泌，射精管、输精管、精囊等共同联合收缩的作用，将精液排入尿道，这时，尿道内扩约肌及时关闭，堵住通向膀胱的入口，在尿道海绵体肌和阴茎海绵体体肌强烈的收缩下，将精液从尿道射出体外。这一连贯性的动作，是阴茎在性刺激中得到的“信息”，经过阴部神经抵达脊髓的射精中枢和大脑皮质，射精“指令”通过传出神经抵达射精器官而引发。
逆行射精在射精指令的下达方面没有什么异常，所发生的异常是在“执行”过程中尿道扩约肌或通往膀胱的入口发生了“故障”，不能及时关闭通道。这一问题的发生，使本来应当射出体外的精液去了不该去的膀胱。